小动物活体成像的实验主要分为两大类，一种是看肿瘤或者炎症的发展以及肿瘤的转移。一种是看物质在小鼠体内的代谢和聚集情况。比如药物代谢，基本上是要看不同的时间内，注射进入小鼠体内的药物到了小鼠的哪个部分的器官以及量的多少。

　　那么如果单纯是细胞或者是药物，我们本身是无法看见的。这就牵扯到，我们需要用到一些，可以被影像设备捕捉到的发光物质，对细胞或者药物进行标记。从而指示细胞或者药物在小鼠中存在的位置。

　　小动物活体标记技术主要分为两种，一种是生物发光，一种是荧光。生物发光是通过荧光素酶（Luciferase）基因标记细胞或者DNA。在拍照前注射进底物，通过化学反应进行自发光。这种方法，不需要激发光，具有特异性强，背景低等优点。缺点是，信号太弱，需要比较长的曝光时间，以及比较好的设备。

　　荧光的主要采用报告基因（GFP，YFP,RFP）等。需要不同颜色的激发光源进行激发，并且在信号进行接收之前，要通过相对应的发射滤光片将杂光进行过滤，尽可能只是将激发信号放进来。GFP蓝光激发，显绿色，YFP绿光激发显黄颜色，RFP黄光激发显示红色。所以举个例子，GFP就需要蓝色光源激发，需要绿色滤光片进行过滤。

　　除此之外在药物代谢实验中，经常用到的一些荧光染料，用于对药物进行标记。我们可以很容易的在网上查到这些染料的激发波长和发射波长。